Przy zakażeniu drogą oddechową prątki przenoszą się do zatok chłonnych i wreszcie do węzłów chłonnych tchawiczo-oskrzelowych, gdzie w odpowiednich warunkach wytwarzają zmianę pierwotną. Przy masywnym zakażeniu lub zachwianiu mechanizmów obronych ustroju, prątki mogą trafiać bezpośrednio do pęcherzyków płucnych i tam wywołać zmianę pierwotną. Możność „zamknięcia’”‚ zakażenia pierwotnego w układzie chłonnym płuc wyjaśnia w dużym stopniu możliwość przebiegu zakażenia pierwotnego poniżej progu spostrzegania klinicznego.

W przypadkach gdy umiejscowienie zakażenia pierwotnego w systemie chłonnym jest niemożliwe, może dochodzić do wysiewów limfo- lub krwiopochodnych, ograniczonych lub uogólnionych, jak to widzimy w gruźliczym zapaleniu opon mózgowych i mózgu, gruźlicy prosówkowej, gruźlicy kości itp. W naszych warunkach epidemiologicznych Wśród dzieci zakażonych gruźlicą zachorowuje klinicznie 1 do 3°/&.